Den viktigaste samlingen, och det högsta beslutande organet i RFSL, är kongressen. Kongressen samlas en gång vartannat år. Till kongressen får varje avdelning skicka representanter med rösträtt. Dessa kallas i RFSL för ombud. Antalet ombud per avdelning bestäms av hur många medlemmar avdelningen har. Detta finns reglerat i förbundets stadgar.
På kongressen rapporteras vad som hänt under föregående mandatperiod, förslag läggs fram och en ny verksamhetsplan och en ny förbundsstyrelse väljs. Förbundsstyrelsen har det löpande ansvaret att utföra vad kongressen beslutat, men kan också ta egna initiativ till verksamheter. På kongressen kan medlemmar lägga motioner och yrka på förslag på verksamheter och politiska inriktningar för RFSL:s arbete på internationell, nationell och lokal nivå.