Den viktigaste samlingen, och det högsta beslutande organet i RFSL, är kongressen. Kongressen samlas en gång vartannat år. Till kongressen får varje avdelning skicka representanter med rösträtt. Dessa kallas i RFSL för ombud. Antalet ombud per avdelning bestäms av hur många medlemmar avdelningen har. Detta finns reglerat i förbundets stadgar.
På kongressen rapporteras vad som hänt under föregående mandatperiod, beslut fattas om olika inkomna förslag i form av bl.a. propositioner från förbundsstyrelsen och en ny förbundsstyrelse väljs. Förbundsstyrelsen har det löpande ansvaret att utföra vad kongressen beslutat, men kan också ta egna initiativ till verksamheter. Till kongressen kan medlemmar och avdelningar lägga motioner och yrka på förslag på verksamheter och politiska inriktningar för RFSL:s arbete på internationell, nationell och lokal nivå.
